มีหน้าที่ความรับผิดชอบในการสนับสนุนภารกิจของมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย เกี่ยวกับการวางแผนพัฒนาส่งเสริม เผยแผ่ และให้บริการวิชาการด้านการปฏิบัติกรรมฐาน และฝึกอบรมคุณธรรม งานพัฒนาคุณภาพ งานวิจัยพัฒนารูปแบบและวิธีการปฏิบัติกรรมฐาน สร้างเครือข่ายสำนักปฏิบัติธรรมและหน่วยอบรมให้กว้างขวางโดยสถาบัน ได้กำหนดภาระงานของฝ่ายต่าง ๆ ในสังกัด (โดยสังเขป) ดังนี้
๑. ส่วนงานบริหาร
มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานบริหารงานนโยบายและพัฒนา งานบุคลากร งานงบประมาณ งานทะเบียนและงานสารสนเทศของสถาบัน และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
๑.๑ กลุ่มงานบริหาร มีภาระงานด้านธุรการ ประสานงานด้านงบประมาณ การเงิน บุคลากร การบัญชี พัสดุ นโยบายและแผนพัฒนา รวมทั้งประสานงานกับส่วนงานที่เกี่ยวข้อง และปฏิบัติงานอื่นที่ได้รับมอบหมาย
๑.๒ กลุ่มงานทะเบียนและสารสนเทศ มีภาระงานจัดทำทะเบียนผู้ปฏิบัติธรรมและผู้เข้าอบรมให้เป็นระบบ และจัดทำเว็บไซต์ จัดทำฐานข้อมูล จัดทำทำเนียบผู้เข้ารับการอบรมกรรมฐาน และการฝึกอบรม จัดทำรายงานประจำปีของสถาบันเอกสารประชาสัมพันธ์และดำเนินงานการเผยแผ่ผลงานด้านกรรมฐานและการฝึกอบรมสู่สาธารณชน งานประกันคุณภาพสถาบัน รายงานประจำปี และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๒. ส่วนวางแผนและพัฒนาการอบรม
มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวข้องกับงานวิจัยและพัฒนา งานวิจัย และงานบริการฝึกอบรมและปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๒.๑ กลุ่มงานวางแผน วิจัยและพัฒนา มีภาระงานด้านวิจัย ส่งเสริมสนับสนุน และพัฒนารูปแบบและวิถีการปฏิบัติกรรมฐาน ติดตาม ประเมินผล และวางแผนพัฒนาสร้างองค์กรความรู้ด้านการกรรมฐาน ประสานเครือข่ายให้กว้างขวางยิ่งขึ้น และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
๒.๒ กลุ่มงานบริการฝึกอบรม มีภาระงานบริการหลักสูตรการฝึกปฏิบัติกรรมฐาน และการฝึกอบรม แก่เยาวชน ประชาชนทั่วไป ผลิตหลักสูตรการอบรมที่เหมาะสม จัดหาสิ่งอำนวยความสะดวกสำหรับผู้มารับการฝึกอบรม และสรุปรายงานประเมินผลการฝึกอบรม และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย