สถาบันกรรมฐานศึกษาสมเด็จพระสังฆราช (อมฺพรมหาเถร)” โดยได้จัดตั้งขึ้นเป็นส่วนงานในมหาวิทยาลัย เพื่อเจริญรอยตามพระจริยวัตรของเจ้าพระคุณ สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก นายกสภามหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ผู้ทรงใฝ่พระทัยในวิปัสสนาธุระและการเจริญพระกรรมฐาน
ปรากฎในข้อกำหนดมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ว่าด้วยการจัดตั้งส่วนงาน (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2566 โดยที่เป็นการสมควรจัดตั้งสถาบันกรรมฐานศึกษาของมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย (มมร.) เพื่อเป็นสถาวรสถานเฉลิมพระเกียรติ เนื่องในมงคลสมัยที่เจ้าพระคุณ สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ทรงเจริญพระชนมายุ 8 รอบ 26 มิถุนายน พ.ศ. 2566 สำหรับจัดการศึกษา วิจัย ให้บริการ และสนับสนุนทางวิชาการพระพุทธศาสนาในด้านกรรมฐานศึกษา การอบรมพัฒนาทางจิตใจ สติปัญญา และคุณธรรมจริยธรรม ตลอดจนบูรณาการศาสตร์สมัยใหม่เข้ากับการศึกษาและวิจัยทางกรรมฐานศึกษา และเสริมสร้างสังคมวิถีพุทธเพื่ออำนวยสันติสุขตามแนวทางของมหาวิทยาลัย กลุ่มพัฒนาปัญญาและคุณธรรมด้วยหลักศาสนา
ทั้งนี้ สมเด็จพระสังฆราช โปรดประทานนามสถาบัน ว่า “สถาบันกรรมฐานศึกษา สมเด็จพระสังฆราช (อมฺพรมหาเถร)” ตามความในหนังสือสำนักงานเลขานุการสมเด็จพระสังฆราช ที่ สสร.1355/2565 ลงวันที่ 23 พฤศจิกายน 2565 อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 8 มาตรา 9 วรรคแรก มาตรา 19(2) และ(4) แห่ง พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย พ.ศ. 2540 ประกอบกับมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ 10/2565 เมื่อวันที่ 29 พฤศจิกายน 2565 ให้จัดตั้ง สถาบันกรรมฐานศึกษาสมเด็จพระสังฆราช (อมฺพรมหาเถร) เป็นส่วนงานระดับสถาบันของมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย โดยมีสำนักงานหลักตั้งอยู่ที่มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย อ.พุทธมณฑล จ.นครปฐม และมีสำนักงานสาขาและศูนย์ การฝึกอบรมตั้งอยู่ที่ สถานปฏิบัติธรรมสมเด็จพระสังฆราช (อมฺพรมหาเถร) อ.ลำลูกกา จ.ปทุมธานี และมีศูนย์การฝึกอบรมในส่วนภูมิภาค